Национальное исследование качества начального образования проводится, прежде всего, в целях осуществления мониторинга первых результатов перехода на ФГОС и направлено на выявление общего уровня подготовки школьников, а также системных тенденций, связанных с реализацией перехода на ФГОС. Кроме того, в рамках исследований предусмотрен сбор научных данных в целях совершенствования содержания образовательных программ начального общего образования, методов и средств обучения в начальной школе.
В рамках НИКО исследуются предметные результаты обучения выпускников начальной школы по русскому языку, математике, предмету "Окружающий мир", а также метапредметные результаты и уровень сформированности универсальных учебных действий.
Ключевыми особенностями НИКО в начальной школе являются:

• Соответствие ФГОС
• Соответствие отечественным традициям преподавания учебных предметов в начальной школе
• Учет национально-культурной и языковой специфики многонационального российского общества
• Отбор для контроля наиболее значимых аспектов подготовки как с точки зрения использования результатов обучения в повседневной жизни, так и с точки зрения продолжения образования в основной школе

Мероприятия НИКО проводятся на выборке образовательных организаций. Формирование выборки ОО осуществляет организация-координатор проведения исследований (Московский центр непрерывного математического образования (МЦНМО)) на основании специально разработанной методики.
Исследования проводятся анонимно. Результаты конкретного участника могут быть зафиксированы только на уровне ОО для предоставления родителям и выставления положительных отметок участникам, успешно справившимся с работой.
Результаты исследований могут быть использованы ОО, муниципальными и региональными органами исполнительной власти, осуществляющими государственное управление в сфере образования, для анализа состояния системы образования и формирования программ её развития.
Не предусмотрено использование результатов указанных исследований для оценки деятельности учителей, ОО, муниципальных и региональных органов исполнительной власти, осуществляющих государственное управление в сфере образования.
Обсуждение результатов и перспективных направлений развития системы оценки качества образования проводится ежегодно в рамках межрегиональных конференций по оценке качества образования.